Các tuyến đường sắt Kinh-Thông, Kinh-Bao và Bao-Lan chạy từ đông sang tây Nội Mông, kết nối các khu vực Đông Bắc, Hoa Bắc và tây bắc của Trung Quốc. Mãn Châu Lý và Erenhot là hai cửa khẩu đường sắt lớn, kết nối hệ thống đường sắt Trung Quốc với hệ thống đường sắt của Nga và Mông Cổ, từ đó có thể đi đến các nước châu Âu. Hệ thống đường sắt tại Nội Mông phân thuộc sự quản lý của cục đường sắt Hohhot, cục đường sắt Cáp Nhĩ Tân và cục đường sắt Thẩm Dương.

Tính đến cuối năm 2011, hệ thống công lộ toàn khu tự trị Nội Mông đạt tổng lý trình 160.995 km, trong đó có 2.874 km đường công lộ cao tốc. Về cơ bản, các thôn và ca tra (嘎查) hành chính đều đã thông công lộ. Năm 2011, các doanh nghiệp thông qua hệ thống công lộ của Nội Mông đã vận chuyển được 218 triệu lượt hành khách và 1,037 tỉ tấn hàng hóa.[26]

Trên địa bàn Nội Mông có một số sân bay như: sân bay Ulanhot, sân bay Ô Hải, sân bay quốc tế Saiwusu Erenhot, sân bay Bao Đầu, sân bay Đông Sơn Hailar, sân bay quốc tế Bạch Tháp Hohhot, sân bay Mãn Châu Lý, sân bay Xích Phong, sân bay Thông Liêu, sân bay Ordos, sân bay Xilinhot, sân bay Arxan, sân bay Bayannur